Η Περιφερειακή Ένωση Δήμων Νοτίου Αιγαίου (Π.Ε.Δ. Νοτίου Αιγαίου) χρηματοδοτείται σύμφωνα με το ισχύον θεσμικό πλαίσιο που διέπει τη λειτουργία των Περιφερειακών Ενώσεων Δήμων.

Οι οικονομικοί της πόροι προέρχονται κυρίως από τους Κεντρικούς Αυτοτελείς Πόρους (Κ.Α.Π.), οι οποίοι κατανέμονται με αποφάσεις του Υπουργείου Εσωτερικών για την κάλυψη των λειτουργικών αναγκών των Περιφερειακών Ενώσεων Δήμων και της Κεντρικής Ένωσης Δήμων Ελλάδας (Κ.Ε.Δ.Ε.).

Παράλληλα, η Π.Ε.Δ. Νοτίου Αιγαίου δύναται, στο πλαίσιο των αρμοδιοτήτων της και σύμφωνα με την ισχύουσα νομοθεσία, να συμμετέχει στην υλοποίηση εθνικών και ευρωπαϊκών προγραμμάτων, να αναπτύσσει συνεργασίες με δημόσιους και ιδιωτικούς φορείς, καθώς και να αξιοποιεί κάθε άλλη νόμιμη πηγή χρηματοδότησης που εξυπηρετεί τους καταστατικούς της σκοπούς.

Η οικονομική διαχείριση της Ένωσης πραγματοποιείται με βάση τις αρχές της νομιμότητας, της διαφάνειας, της χρηστής δημοσιονομικής διαχείρισης και της λογοδοσίας, σύμφωνα με το ισχύον θεσμικό πλαίσιο που διέπει τους φορείς της τοπικής αυτοδιοίκησης.