Το Εποπτικό Συμβούλιο αποτελεί το όργανο εσωτερικού ελέγχου της Περιφερειακής Ένωσης Δήμων Νοτίου Αιγαίου και ασκεί τις αρμοδιότητες που προβλέπονται από το ισχύον θεσμικό πλαίσιο.

Έργο του είναι η εποπτεία της εύρυθμης λειτουργίας της Ένωσης, ο έλεγχος της τήρησης των νόμιμων διαδικασιών και η διασφάλιση της διαφάνειας και της χρηστής διοίκησης, σύμφωνα με τις διατάξεις που διέπουν τη λειτουργία των Περιφερειακών Ενώσεων Δήμων.