Η Γενική Συνέλευση αποτελεί το ανώτατο συλλογικό όργανο της Περιφερειακής Ένωσης Δήμων Νοτίου Αιγαίου. Μέσω αυτής διασφαλίζεται η δημοκρατική εκπροσώπηση των Δήμων-μελών και η διαμόρφωση των βασικών κατευθύνσεων της Ένωσης.

Η Γενική Συνέλευση συζητά και αποφασίζει για θέματα που αφορούν τη λειτουργία της Π.Ε.Δ., εγκρίνει τον προγραμματισμό και τον απολογισμό των δράσεων της, καθώς και κάθε άλλο θέμα που προβλέπεται από το ισχύον θεσμικό πλαίσιο.